Le Canada est présent dans les Balkans (Bosnie-Herzégovine, Serbie et Monténégro) depuis 1990 pour appuyer des programmes visant à promouvoir la paix, la stabilité et la prospérité. L'aide apportée par l'ACDI dans les Balkans était conforme aux objectifs de la politique étrangère du Canada visant le maintien de la paix et de la sécurité. L'ACDI a coordonné ses efforts avec ceux des autres donateurs bilatéraux et multilatéraux, ainsi que des administrations et des organisations locales, afin de s'assurer que les programmes étaient harmonisés, qu'ils répondaient aux besoins des gouvernements partenaires et qu'ils accroissaient la prise en charge locale et la viabilité. Par ailleurs, l'ACDI a grandement aidé les pays à se rapprocher de leur objectif consistant à accéder à l'Union européenne, en veillant à ce que les projets mettent de l'avant les normes européennes.
Au départ, les programmes de l'ACDI visaient plus particulièrement à soutenir les opérations multilatérales de maintien de la paix et les efforts de reconstruction. À la suite de la crise du Kosovo, en 1999, ils ont surtout ciblé l'aide humanitaire : les contributions versées à ce chapitre entre 1999 et 2001 se sont élevées à plus de 200 millions de dollars.
La crise ayant cessé et la paix étant revenue, le travail de l'ACDI, qui portait surtout sur la sécurité, a évolué : afin d'appuyer la transition en cours dans la région, il s'est davantage axé sur le développement économique et social. À la suite de vastes consultations qui se sont déroulées en 2003, les programmes de l'ACDI ont ciblé le développement d'institutions gouvernementales nationales compétentes, responsables et soucieuses des besoins des citoyens, qui aident à assurer la sécurité de ces derniers et qui créent un environnement favorable au développement économique, politique et social.
L'ACDI a terminé son dernier cycle de programmes bilatéraux en décembre 2009. Ses activités étaient axées sur la primauté du droit et la santé, deux secteurs cruciaux dans le processus de transition et conformes aux priorités des gouvernements partenaires.
De 1990 à 2010, l'ACDI a investi plus de 540 millions de dollars répartis dans plus de 800 projets d'assistance humanitaire dans les Balkans.
Aux côtés d'autres donateurs et de plusieurs ministères canadiens, l'ACDI a versé des fonds pour l'aide humanitaire et l'aide d'urgence dans les Balkans en temps de crise, afin de fournir des denrées alimentaires et des services médicaux, de réparer des écoles, des cliniques et des maisons et d'aider les populations déplacées. L'ACDI a aussi apporté des contributions importantes à la consolidation de la paix en appuyant les déploiements de la police civile au sein d'organisations multilatérales et en menant à bien des projets de déminage afin de faciliter le retour sécuritaire des réfugiés.
Dans le secteur de la santé, les programmes de l'ACDI ont élargi l'accès de la population aux services de soins de santé primaires, augmenté la sensibilisation au VIH/sida et renforcé les centres communautaires pour les personnes handicapées.
Dans le secteur de la primauté du droit, l'intégration de modes alternatifs de règlement des conflits au système juridique a amélioré l'efficacité et l'efficience du système. Les consultations publiques touchant la planification à l'échelle locale sont maintenant la norme; elles ont contribué à la démocratisation de la gouvernance locale dans plusieurs municipalités de la Bosnie-Herzégovine.